江戸時代末期、江戸の町を襲来したのは、黒船ではなく宇宙船だった。
　宇宙からやってきた最強の侵略者・天人（あまんと）を前になす術のない幕府。だが、そんな国を憂い、圧倒的な劣勢のなかでなお臆することなく戦い続ける志士たちがいた。
　桂小太郎、高杉晋助、そして白夜叉の異名で恐れられた侍・坂田銀時。

　だが、数年に及ぶ死闘の末、彼らは友を失い、師を失い、戦い敗れて “国”を失った――。生き残った銀時は万屋を営み、桂は身を潜め譲位活動を続け、高杉は幕府や天人の支配の破壊を企む。さらに高杉は銀時・桂へもその刃を向ける。

　ある日、江戸の町に一人の辻斬りが現れ、その凶刃によって桂が姿を消す。男のもつ、生きたように脈を打つ妖刀 “紅桜”･･･人工知能を持ち、使用者に寄生して戦闘データを蓄積し進化する悪魔の兵器。
　高杉は、最強の戦闘集団・鬼兵隊を復活させ、“紅桜”を擁して動き出したのだ。桂の相棒・エリザベスの依頼を受け桂の創作に動き出す銀時・神楽・新八の万屋メンバー。

　桂の行方は？そして、銀時とかつての盟友・高すぎとの因縁の対決に決着はつくのか！？